Budaya Organisasi yang dimaksud dalam pengelolaan Universitas Muhammadiyah Makassar adalah suatu falsafah yang dijunjung tinggi oleh Universitas Muhammadiyah Makassar dan menjadi panutan semua anggota organisasi dengan didasari pandangan hidup sebagai nilai-nilai yang menjadi sifat , kebiasaan, dan juga pendorong yang dibudayakan dalam menjalankan tugas dan tanggung jawab yang tercermin dalam sikap, perilaku, dan tindakan untuk mencapai Tujuan, Visi dan Misi Universitas Muhammadiyah Makassar. Budaya Organisasi yang diterapkan di Universitas Muhammadiyah Makassar adalah Integritas, Profesional, dan Enterpreniurship. Integritas Integritas yang dimaksud adalah konsisten dan keteguhan yang tak tergoyahkan dalam menjunjung tinggi nilai-nilai yang diterapkan dalam organisasi yang menjadi gambaran keseluruhan pribadi anggota organisasi. Nilai Integritas ibarat “Nyawa” dari organisasi. Karena itu, nilai ini menjadi  yang pertama dan utama yang harus dimiliki, dihayati, dan diamalkan oleh setiap Civitas Akademika Universitas Muhammadiyah Makassar yang terwujud dalam sikap: jujur, beretika, bertanggungjawab, adil, bermartabat, dan dapat dipercaya, satu kata dan tindakan, mempunyai rasa memiliki dan amanah terhadap perguruan, menjaga kepatutan dan nama baik institusi, menghargai pihak yang telah berjasa kepada Universitas Muhammadiyah Makassar. Selain itu, Integritas disempurnakan berdasarkan pandangan Islam yang diukur dari aqidah yang bersih, ibadah yang benar, akhlak yang kokoh, kekuatan jasmani, berwawasan luas, melawan hawa nafsu negatif, pandai menjaga waktu, teratur dalam segala urusan, mandiri, dan bermanfaat untuk orang lain. Integritas diperjelas dalam QS. An Nahl: 91-92, yang artinya: “Dan tepatilah perjanjian dengan Allah apabila kamu berjanji dan janganlah kamu membatalkan sumpah-sumpah(mu) itu sesudah meneguhkannya, sedang kamu telah menjadikan Allah sebagai saksimu (terhadap sumpah-sumpah itu). Sesungguhnya Allah mengetahui apa yang kamu perbuat. Dan janganlah kamu seperti seorang perempuan yang menguraikan benangnya yang sudah dipintal dengan kuat, menjadi cerai berai kembali, kamu menjadikan sumpah (perjanjian)mu sebagai alat penipu di antaramu, disebabkan adanya satu golongan yang lebih banyak jumlahnya dari golongan yang lain. Sesungguhnya Allah hanya mengujimu dengan hal itu. Dan sesungguhnya di hari Kiamat akan dijelaskan-Nya kepadamu apa yang dahulu kamu perselisihkan itu”. Profesional Profesional yang dimaksud adalah semua pegawai dan dosen Universitas Muhammadiyah Makassar memiliki kemampuan yang tinggi, keterampilan dan keahlian dalam menjalankan profesi/ pekerjaan sesuai dengan keahliannya. Profesional yang harus dimiliki pegawai Universitas Muhammadiyah Makassar adalah :

1. Skill, pegawai tersebut harus benar-benar ahli di bidangnya;
2. Knowledge, orang tersebut harus dapat menguasai, minimalnya berwawasan mengenai ilmu lain yang berkaitan dengan bidangnya;
3. Attitude, bukan hanya pintar, akan tetapi harus memiliki etika yang diterapkan dalam bidangnya.

Ciri Pegawai Profesional

1. Memiliki kemampuan dan pengetahuan yang tinggi;
2. Memiliki kode etik;
3. Memiliki tanggung jawab profesi serta integritas yang tinggi;
4. Memiliki jiwa pengabdian kepada masyarakat;
5. Memiliki kemampuan yang baik dalam perencanaan program kerja;
6. Menjadi anggota organisasi dari profesinya.

Profesional dalam Islam sangat dianjurkan berdasarkan butir-butir penting dalam Al Qur’an dan Hadist yang menyuruh bekerja secara professional, diantaranya:

1. Bekerja sesuai dengan kemampuan atau kapasitasnya (Qs. Al An’am: 135, Az Zumar: 39 dan Huud: 93);
2. Bekerja dengan hasil terbaik (Qs. Al Mulk: 2);
3. Bekerja sesuai dengan bidang keahlian (Qs. Al Isra: 84);
4. Bekerja sesuai dengan patut dan layak (Qs. an Nahl: 97, Al Anbiya’: 94, dan Al Zalzalah: 7);
5. Jika suatu urusan diserahkan bukan pada ahlinya maka tunggulah kehancurannya (Hr. Bukhari).

Selanjutnya pada ayat yang lain, Islam mendorong umatnya agar:

1. Memiliki kejujuran (Qs. Al Ahzaab: 23-24);
2. Kerjasama dan tolong menolong dalam kebaikan (Qs. Al Maidah: 2);
3. Bekerja dengan penuh tanggung jawab karena selalu diawasi Allah, Rasul dan masyarakat (Qs. At Taubah: 105);
4. Sederhana dan tidak berlebih-lebihan (Qs. Al A’raaf: 13, Al Israa’: 29, Al Furqaan: 67, dan Ar Rahman: 7-8);
5. Rajin dan bekerja keras (Qs. Al Jumu’ah: 10);
6. Disiplin (Qs. Al Hasyr: 7);
7. Hati-hati dalam bertindak dan mengambil keputusan (Qs. Al Hujurat: 6);
8. Berlomba-lomba dalam kebaikan (Qs. Al Baqarah: 148, Al Maidah: 48);
9. Jujur dan dapat dipercaya (Qs. An Nisa’: 58, Al Baqarah: 283, Al Mu’minun: 8).

• Entrepreneurship

Entrepreneurship yang dimaksud adalah sesuatu yang ada dalam diri yang memberikan dorongan semangat dan membuat kita selalu bergerak ke depan, ingin memiliki masa depan yang lebih baik. Inilah inti sari entrepreneurship yaitu melakukan inovasi terus menerus, mandiri, visioner, kreatif, realistis, berani mengambil resiko, pantang menyerah, dan mandiri.

• Prinsip

Untuk menunjang Budaya Organisasi tersebut, maka dibingkai dengan prinsip : “Sipakainge, Sipakalebbi, Sipakatau” “Malilu Sipakainge” “Mali Siparappe” “Rebba Sipatokkong” “Resofa Temmangingi Namalomo Naletei Fammasena DewataE”